明清两代,白族的医药学有了新的发展,涌现出不少著名的民族医生,如明代赵州的赵良弼和鹤庆的周思谦善治狂犬病,赵州杨世宾、杨宗儒的小儿科盛名一时。医药著作有明代陈洞天的《洞天秘典注》,李星炜的《奇验方书》、《痘疹保婴心法》等。清代则有孙荣福的《病家十戒学十全合刊》,赵子罗的《本草别解》、《救瘦奇方》等书。在这些著作中,提出了因时因地分析脉理,区别药物的创造性见解。由于滇藏贸易往来的扩大,促进了大理白族地区和藏族地区的经济发展。

明清时下关成为滇西商业中心、交通要道和商业集散地,大理“三月街”、鹤庆“松桂会”、邓川“渔潭会”更加繁荣,民族药材上市量一年胜似一年。“三月街”会期,省内外参加集市的不下十万人”,药材和农副土特产品的交易额至少达数万两白银,楚、粤、黔、桂、蜀、藏、苏杭一带的商人都来进行物资交流,以药材为大宗,缅甸商人还和白族地区的商人进行棉花、黄丝、药材等上特产贸易,很多白族药因而闻名遐迩,如浪弯县志载:“产于县城以东九气台的名贵药材`天生磺’以治疗瘴病,命门火衰,阳痪虚寒,妇女不孕,痢疾而名扬天下,乃天生之宝,为世所重”,“其价比金”。光绪三年所立的洱源九气台碑文记载:云南提督军门“因伤该村管事等经营,接年收取解营,以资分散各军备用,籍销炎瘴”,“军士服之最效”。产于巍山(即蒙化)的“石磺”,清末每年出口印度及南洋诸国五六千驮,鹤庆“马厂归”享誉东南亚。年,在印度加尔各答经商的鹤庆商人将木香引到云南丽江试种成功,新中国成立后,木香在丽江、大理、迪庆广为种植,使中国由木香进口国变为出口国,成为中外驰名的“云木香”畅销国内外。清光绪周宗麟纂《大理县志稿》将“土人参、苍山贝母、契毒回生草、苍参、鹿衔草”列为“特别产”,并记载“契毒回生草,点苍诸峰皆有之,取根煎服和以白酒,专治疯狗咬伤,屡经试验神效”。

据现存的明代以来的各县县志记载,由于与汉、藏等民族医药经过长期的交流,白族地区所产的云防风、滇黄菩、云获荃、猪菩、龙胆、艾叶、小白友、天麻、牛黄、察香、穿山甲等数百种动植物药材,绝大多数都与汉、藏、彝、回、蒙、纳西等民族的医药所通用。史志还记载了明代以前大理、洱源、巍山、永平等县就有川芍的栽培,巍山在清以前就种植红花,祥云引种了泽泻,鹤庆引种了当归,还有很多民族药变野生为家种并一直延续至今,说明大理地区种植药材的历史亦很悠久。